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作者：haoxingheng 基因組測(cè)序是一種新型基因檢測(cè)技術(shù)，它可以從血液或者唾液中分析測(cè)定基因全序列，用來(lái)預(yù)測(cè)疾病，個(gè)人的行為特征等等。實(shí)現(xiàn)這一項(xiàng)技術(shù)需要海量的計(jì)算支持，常常需要等待一段時(shí)間才可以獲得檢測(cè)結(jié)果。然而，Edico Genome推出的“龍”硬件加速卡將測(cè)序計(jì)算時(shí)間由30小時(shí)縮短到26分鐘，很快就可能優(yōu)化實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)計(jì)算的目標(biāo)。 IBM Power Systems最近在《華盛頓郵報(bào)》官網(wǎng)上發(fā)表了題為“Powerful computing crunches genomic data at warp speed”的文章，文章描述了Edico Genome使用硬件加速器來(lái)加速基因研究的海量計(jì)算。Edico Genome董事長(zhǎng)兼CEO Pieter van Rooyen和他的團(tuán)隊(duì)在南非進(jìn)行血液分析的工作，主要面向兩種疾病：艾滋病（HIV）和肺結(jié)核（tuberculosis）。同時(shí)他們也開(kāi)發(fā)了一款定制的硬件加速卡來(lái)加速計(jì)算，這款加速卡就是“龍”卡，卡上集成了基于IBM Power8處理器的S822LC高性能計(jì)算服務(wù)器和Xilinx 28nm FPGA。 
加速卡計(jì)算的效果如何呢？“之前一個(gè)基因組測(cè)序需要大約30小時(shí)” van Rooyen說(shuō)，“我們已經(jīng)把計(jì)算時(shí)間降到26分鐘，很快，我們就會(huì)進(jìn)一步優(yōu)化到10分鐘”。他預(yù)計(jì)一個(gè)全序列基因編譯可以在接近實(shí)時(shí)的時(shí)間內(nèi)完成。 視頻地址：http://static.video.qq.com/TPout.swf?vid=d0315b41p3d&auto=0 Stone在視頻中解釋說(shuō)，F(xiàn)PGA加速卡將處理時(shí)間縮減到6分鐘左右，而純軟件處理大概需要6小時(shí)，F(xiàn)PGA硬件加速提供了約50X~60X的加速性能。目前Edico Genome“龍”卡上用的是Xilinx 28nm器件，公司已經(jīng)考慮在他們下一代的板子上使用Xilinx UltraScale器件，在現(xiàn)有基礎(chǔ)上再獲得5X的加速性能提升。 |
